Считать строчку из файла

[kaljan775]

смотрите первый пример, там через stringstream с предварительным удалением знаков =

[Stilet]

по идее после каждой итерации предыдущий символ заменяется нулем

Не предидущий а последующий, ибо s1[k][e++]
С таким же успехом я могу бы написать

 s1[k][e]=s[i];
 e=e+1;
 s1[k][e]=0;