Это тяжело сделать

[Last]

Есть один тупенький вариант, без STL и в принципе всё просто, правда этот алгоритм вряд ли можно назвать хорошим.
1. В односвязный список закидываем числа из файла(на этом этапе исключаем дублирование).
2. Пусть в списке оказалось N чисел, тогда за N итераций можно записать все числа в новый файл. Другой вопрос в том, что одна итерация может занимать много времени.
Но если

я тут только одно могу сделать открыть файл и все

боюсь, тебе придётся немного подучить программирование.