Программа пропадает с taskbat'a.

[northener]

В AutoCreate-Forms на первом месте в списке стоит GuardForm.

При чем тут AutoCreate? И место в нем.
Если не создавать GuardForm методом TApplication.CreateForm, то она никогда не будет главной. В моем примере это так и есть. Главной формой приложения станет MainForm, если проверки пройдут успешно. А где в GuardForm выполнять эти проверки это уже на ваш вкус.
Ну и последнее. Если у вас не слишком старая версия Дельфи обратите внимание на свойство TApplication.MainFormOnTaskbar. От этого свойства многое зависит в вашем случае.