|
|
Регистрация Восстановить пароль |
Повторная активизация e-mail |
Регистрация | Задать вопрос |
Заплачу за решение |
Новые сообщения |
Сообщения за день |
Расширенный поиск |
Правила |
Всё прочитано |
|
Опции темы | Поиск в этой теме |
04.08.2017, 17:48 | #1 |
Новичок
Джуниор
Регистрация: 04.08.2017
Сообщений: 2
|
Найти кодоны, соответствующие последовательности цифр идущих друг за другом >=8 (polyQ)
Здравствуйте!
У меня имеется файл, где указано: Колонка 1 - номер последовательности аминокислоты "Q" и кодонов. Колонка 2 - последовательность Q. Колонка 3 - нуклеотид, соответствующий данной аминокислоте. Мои кодоны, которые находятся в отрезке polyQ (IN), должны быть в последовательности цифр из первой колонки от 8 и выше , то есть >=8. Например, певое число в первой колонке = 5 После него идет не 6, 7, 8 и так далее, а идет 16, мы не имеем последовательность цифр, которая равна 8 и выше. -> то есть кодон, находящийся напротив этой цифры 5 - не относится к последовательности polyQ, то есть он OUT Если посмотрим на число 84, то увидим, что за ним стоит следующее по порядку число 85. То есть наш предел равен 2, так как состоит из двух чисел идущих друг за другом. Но это не соответствует условию, что предел чисел идущих друг за другом равен от 8 и выше, поэтому эти кодоны не лежат в последовательности polyQ. Если же посмотреть на цифру 89, то мы видим последовательность от 89, то там идет числа по порядку: 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102 -> последовательность чисел ДРУГ ЗА ДРУГОМ, которая больше, чем 8, что соответствует нашему условию, что кодоны, находящиеся в последовательности чисел от 8 и выше, относятся к polyQ -(IN) Мне нужно написать script, c дополнительной колонной номер 4, где будет указано IN или OUT, в зависимости от того, где лежит этот кодон - в пределе чисел идущих друг за другом равным 8 и выше - IN; или которые не лежат в этом пределе, то есть меньше 8 -OUT. 5 Q CAA 16 Q CAG 21 Q CAA 74 Q CAA 80 Q CAG 82 Q CAG 84 Q CAG 85 Q CAG 89 Q CAG 90 Q CAG 91 Q CAG 92 Q CAG 93 Q CAA 94 Q CAG 95 Q CAG 96 Q CAG 98 Q CAG 99 Q CAG 100 Q CAG 101 Q CAG 102 Q CAG 106 Q CAG 107 Q CAG 108 Q CAG 109 Q CAG 110 Q CAG 111 Q CAG 112 Q CAG 113 Q CAA 114 Q CAG 115 Q CAG 116 Q CAG 118 Q CAG 120 Q CAG 121 Q CAG 125 Q CAG 126 Q CAG 127 Q CAG 129 Q CAA 133 Q CAG 134 Q CAG 135 Q CAG 136 Q CAG 137 Q CAG 139 Q CAG 140 Q CAG 141 Q CAG 142 Q CAG 143 Q CAG 144 Q CAG 145 Q CAG 146 Q CAG 154 Q CAA 156 Q CAG 157 Q CAA 158 Q CAG 160 Q CAG 161 Q CAG 162 Q CAG 163 Q CAA Есть какие-то идеи? Я новичок в PERL, буду очень благодарна. |
Похожие темы | ||||
Тема | Автор | Раздел | Ответов | Последнее сообщение |
Здравствуйте! Работа с массивом! Нужно найти кратные 3 и 5 и сравнить их количество друг с другом! | Argontarg | Общие вопросы Delphi | 21 | 09.02.2014 19:41 |
наибольшее количество идущих подряд цифр | Alexandr- | Помощь студентам | 1 | 11.03.2013 23:02 |
неработают 2 скрипта, не работают друг с другом | Bardak2 | JavaScript, Ajax | 0 | 23.11.2011 17:41 |
поменять адреса указателей друг с другом | dasvex | Помощь студентам | 8 | 08.09.2011 20:08 |
как связать 2 приложения друг с другом на c# ? | kaljan775 | C# (си шарп) | 11 | 07.05.2011 00:43 |