Найти кодоны, соответствующие последовательности цифр идущих друг за другом >=8 (polyQ)

[Дарья Борис]

Здравствуйте!

У меня имеется файл, где указано:
Колонка 1 - номер последовательности аминокислоты "Q" и кодонов.
Колонка 2 - последовательность Q.
Колонка 3 - нуклеотид, соответствующий данной аминокислоте.

Мои кодоны, которые находятся в отрезке polyQ (IN), должны быть в последовательности цифр из первой колонки от 8 и выше , то есть >=8.
Например, певое число в первой колонке = 5
После него идет не 6, 7, 8 и так далее, а идет 16, мы не имеем последовательность цифр, которая равна 8 и выше. -> то есть кодон, находящийся напротив этой цифры 5 - не относится к последовательности polyQ, то есть он OUT

Если посмотрим на число 84, то увидим, что за ним стоит следующее по порядку число 85. То есть наш предел равен 2, так как состоит из двух чисел идущих друг за другом. Но это не соответствует условию, что предел чисел идущих друг за другом равен от 8 и выше, поэтому эти кодоны не лежат в последовательности polyQ.

Если же посмотреть на цифру 89, то мы видим последовательность от 89, то там идет числа по порядку: 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102 -> последовательность чисел ДРУГ ЗА ДРУГОМ, которая больше, чем 8, что соответствует нашему условию, что кодоны, находящиеся в последовательности чисел от 8 и выше, относятся к polyQ -(IN)


Мне нужно написать script, c дополнительной колонной номер 4, где будет указано IN или OUT, в зависимости от того, где лежит этот кодон - в пределе чисел идущих друг за другом равным 8 и выше - IN; или которые не лежат в этом пределе, то есть меньше 8 -OUT.
5 Q CAA
16 Q CAG
21 Q CAA
74 Q CAA
80 Q CAG
82 Q CAG
84 Q CAG
85 Q CAG
89 Q CAG
90 Q CAG
91 Q CAG
92 Q CAG
93 Q CAA
94 Q CAG
95 Q CAG
96 Q CAG
98 Q CAG
99 Q CAG
100 Q CAG
101 Q CAG
102 Q CAG
106 Q CAG
107 Q CAG
108 Q CAG
109 Q CAG
110 Q CAG
111 Q CAG
112 Q CAG
113 Q CAA
114 Q CAG
115 Q CAG
116 Q CAG
118 Q CAG
120 Q CAG
121 Q CAG
125 Q CAG
126 Q CAG
127 Q CAG
129 Q CAA
133 Q CAG
134 Q CAG
135 Q CAG
136 Q CAG
137 Q CAG
139 Q CAG
140 Q CAG
141 Q CAG
142 Q CAG
143 Q CAG
144 Q CAG
145 Q CAG
146 Q CAG
154 Q CAA
156 Q CAG
157 Q CAA
158 Q CAG
160 Q CAG
161 Q CAG
162 Q CAG
163 Q CAA


Есть какие-то идеи? Я новичок в PERL, буду очень благодарна.