is_dir()

[dr.Chas]

Для этого есть функция is_dir()/is_file но они не верно отображают данные, из 3-х папок видят только одну, а остальные 2 вообще не понятно чем являются.

Полный код в студию. (как формируется массив)

[Ghost of Night]

Всё, разобрался... Оказывается для этих функций нужно полностью прописывать путь к папке или файлу (на сервере), а я исходил из расчета, что поиск происходит в корнево папке сайта...
Вот что изменил

clearstatcache();
var_dump(is_dir($dir.'/'.$val)) . "\n"; echo('dir - '.$dir.'/'.$val.'<br>');
var_dump(is_file($dir.'/'.$val)) . "\n"; echo('file - '.$dir.'/'.$val.'<br>');
var_dump(is_link($dir.'/'.$val)) . "\n"; echo('link - '.$dir.'/'.$val.'<br>');

$dir содержит путь к папке сайта на сервере.