Хочу сделать сайт производящий матричные расчеты и строящий результаты в виде графиков и расчетных значений

[Виктoр]

Это делается так, сначала нужно получить и обработать отправленные пользователем данные, затем составить команду и вызвать программу через терминал, в php для этого есть набор функций, найди на http://php.net функцию exec(), на этой же странице, по идее, должен быть указан весь набор подобных функций.