Выборка из базы без уникального поля.

[evg_m]

Сами строки (пара product_id и filter_id) уникальны

т.е. там (в СУБД) прописана ЭТА уникальность.
unique index (product_id, filter_id) или unique index(filter_id, product_id) ???

Если ее нет СДЕЛАЙТЕ.

наличие ГАРАНТИРОВАННОЙ уникальности (unique index) позволяет "забыть" про distinct
в КАЖДОМ отдельном

select distinct product_id from t where filter_id=10 --ВСЕ product_id и так уникальны для ЗАДАННОГО filter_id
select         product_id from t where filter_id=10

JOIN лучше не полную таблицу а потом много фильтровать большую.
а сначала отобрать, а потом JOIN только нужного

select f10.product_id
from ( --первый фильтр
         select product_id from t where filter_id=10 
     ) as f10
inner join ( --следующий фильтр 
                select product_id from t where filter_id=20
            ) as f20 ON f20.product_id =f10.product_id
--- и последующие фильтры

[Аватар]

Индексов нет

Пока их не будет, до тех пор и будет париться. И не важно какой запрос. Добавь пару индексов