В чем отличия двух способов? (потоки и таймеры))

[DearHunter]

Давай ка ты пример мой потестиши и внимательно про эту функцию почитаешь в MSDN.

Несущественно. SetTimer() позволяет асинхронную обработку в текущем потоке, Sleep() не позволяет. Это ответ на первые два вопроса.

Что будет если пользователь изменит расширение avi? Или заархивирует файл? Польза от подобной программы будет невелика.

Я бы решал этот вопрос двумя способами, техническим и административным. С технической стороны я бы реализовал анализатор файлов, уже хранящихся на сервере и запускал бы его в периоды наименьшей загрузки сервера, а также ввел бы логирование событий записи в шару.
С административной стороны я бы дополнил политику компании (если речь о компании) взысканиями за запись подобных файлов в шару.

Также, прежде чем что-то программировать, я бы поинтересовался, нет ли готового решения Quote Server-а, например такого: http://www.raxco.co.uk/product.asp?ProductID=102.

[Stilet]

С технической стороны я бы реализовал анализатор файлов, уже хранящихся на сервере и запускал бы его в периоды наименьшей загрузки сервера

Это да, но все же...
Тут идея даже дополняется - мол не просто мусор убирать с сервака, но и запрещать перекидывать по сети фильмы например. Это хоть чуть чуть сеть разгрузит

С административной стороны я бы дополнил политику компании (если речь о компании) взысканиями за запись подобных файлов в шару.

Эти бы слова да в ухи-моск начальникам...
Уж 5 лет они не чешутся с наказаниями... Прощают, гады.

Также, прежде чем что-то программировать, я бы поинтересовался, нет ли готового решения Quote Server-а

Знать бы что искать...